Setelah proses penanaman, markisa harus dipelihara. Walaupun termasuk mudah tumbuh, namun untuk hasil yang optimal markisa juga membutuhkan pemeliharaan khusus. Pemupukan merupakan pemeliharaan utama agar markisa tumbuh subur. Pupuk yang digunakan bisa berupa pupuk urea ataupun pupuk kandang.Pemeliharaan lainnya adalah pengairan. Untuk tumbuh subur, markisa membutuhkan air yang cukup terutama saat markisa berbunga ataupun berbuah. Jika tidak mendapatkan air secara alami dari hujan, maka markisa harus disiram secara teratur, bisa dua kali ataupun cukup sekali dalam sehari namun harus rutin. Air ini penting karena buah bisa berkerut dan rontok jika kekurangan air.
Karena tanaman ini merupakan tanaman yang berjenis berdaun rimbun, maka jangan lupa untuk melakukan pemangkasan/penyiangan. Agar tanaman tidak terlalu rimbun.
Sekarang ini kebanyakan Markisa dibudidayakan dengan sistem perancah atau para-para untuk mengatur pertumbuhan buah yang lebih maksimal
